组织机构。福州机场办事处为福建检验检疫局派出机构，正处级建制，内设办公室、综合业务科、检疫查验科、旅检科、动植物检疫检验科、检验监管科、机关服务中心等7个科室。

人员编制。行政编制人员33人，事业编制人员8人，现有干部职工41人，科级以上干部16人，占39%。各类专业技术人员33人，占全办人数80.5%，大专以上学历38人，占全办人数92.7%，中级职称的干部13人，占全办人数31.7%，其中高级职称4人，占全办人数9.8%。近年来，在国家级、省级刊物上发表各类科技论文30多篇，其中，数篇获全国青年植检工作者学术研讨会优秀论文奖。

基础设施。拥有固定资产465万元，检验检疫办公用房、生活用房5800平方米。现有实验室5个即昆虫实验室、艾滋病初筛实验室、动物疫病实验室等，基本具备对出入境人员、交通工具、货物实施卫生检疫和动植物检疫及传染病检测的能力。