晋江出入境检验检疫局内设办公室、综合业务科、卫生检疫科、动植物检验检疫科、检验监管科、轻纺检验科、检务科7个职能科室和晋南检验检疫办公室，主要负责晋江市辖区内的检验检疫工作。并设有国家鞋类检测中心。

人员情况。行政编制37名，现有干部职工45人，大专以上学历44人，占97.8%，其中研究生6人，大学本科26人，大专12人，各类专业技术人员占80%，高级职称2人，中级职称11人。事业编制19名，现有事业人员9名，硕士3人，大学本科6名，高级职称1人，中级职称1人，初级职称3人。

发展情况。晋江检验检疫局办公实验综合楼峻工启用，建成了国家鞋类检测中心、国家级鞋类检测重点实验室，建成了玩具实验室、生物媒介实验室，这标志着晋江局的检验检疫实力有了质的跨越，实现了检验检疫工作从粗放型向集约型的转变。