三明出入境检验检疫局成立于1999年11月，由原三明进出口商品检验局、福州动植物检疫局三明办事处、福州卫生检疫局三明办事处合并组建，是福建检验检疫局的分支机构，依照《国境卫生检疫法》、《动植物检疫法》《商检法》及其实施《条例》的规定，负责三明行政辖区出入境卫生检疫、动植物检疫、进出口商品检验鉴定、认证和监督管理等工作。

内设科室。三明检验检疫局设有办公室、检验监管科、动植食检验检疫科、综合业务科、检务科等一室四科，另外还设有综合技术服务中心（事业单位）。

人员情况。三明局行政编制29人，事业编制4人。现有正式干部职工31人，本科以上学历25人，占80.6%，其中博士1人，硕士1人。

基础设施。拥有固定资产857万元，检验办公用房2070.9平方米。现有理化微生物实验室、HIＶ抗体初筛实验室，其中理化微生物实验室获得国家认监委的计量认证资格。能够对出入境人员、交通工具、货物实施商品检验、卫生检疫和动植物检疫及各种传染病检测。