莆田出入境检验检疫局1999年11月24日由原莆田卫检局、动植检局和商检局合并组建而成，内设10个职能科室和秀屿办事处、仙游国检办以及综合技术服务中心（事业部门）。全局现有干部职工82人，其中大专以上学历81人，中级职称以上47人，党员52人。

作为以技术手段为主的行政执法单位，莆田局实验室建设具有较高的规模和水平，现建有理化微生物实验室、国家鞋类检测中心和HIＶ抗体初筛实验室，配备有ICP等离子发射光谱仪、气质联用仪、气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收分光光度计、电脑拉力试验机、弹筒量热仪、红外线测硫仪等先进检测仪器。理化微生物实验室2001年10月在APLAC专家的现场见证下，通过了CCIBLAC认可评审，为CCIBLAC顺利加入APLAC作出了贡献，CCIBLAC秘书处为此专门发来了致谢函。国家鞋类检测中心也于2004年4月19日揭牌成立，2005年3月18日又顺利通过国家认监委扩项评审。