泉州出入境检验检疫局于1999年11月24日由原“三检”合并成立。下设德化、永春、肖厝港、安溪4个办事处（副处级），内设10个科室和1个事业单位，以及后渚港国检办,承担泉州辖区（不含晋江、石狮）10个县（市、区）出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验鉴定工作。现有干部职工174人,其中大专以上学历占90%，博士硕士6人。

泉州局在福建局党组的正确领导下，在泉州市委、市政府的关心支持下，以 “三个代表”重要思想和党的十七大精神为指导，认真贯彻落实福建检验检疫系统工作会议精神，继续以“团结、正风、实干、发展”的工作思路和“保持先进性，推进新发展”的目标，以科学发展观统领全局，以“和谐、高扬、激奋、务实、创新”的泉州国检文化来引领干部，保持激奋高昂的精神状态，进一步抓好执法、抓好管理、带好队伍，深化“四个体系三个机制”建设，着力提高检验检疫把关服务能力，着力提高执法把关的有效性，着力推进泉州检验检疫事业的新发展，各项工作取得显著实效，为泉州外经贸发展作出应有的贡献。