内设处室及科室：

办公室

综合业务处（法制综合科、科技认证科、报检签证科、产地证科）

卫生检疫处

食品检验处（动物源性食品检验科、植物源性食品检验科、工业食品检验科）

动植物检疫处（动物及动物产品检验检疫科、植物及植物产品检验检疫科）

机电化矿检验处（电器检验科、化工机械科）

轻纺检验处（鞋类检验科、服装纺织品检验科、轻工产品检验科）

财务处

人事处、政工处、监察室合署办公

下设3个正处级办事处：

马尾办事处

长乐办事处

福州保税区办事处

下设1个事业单位：

福州局综合技术服务中心

下设1个正科级国检办：

福州局黄岐检验检疫办公室