卫生检疫监管处职能与国家质检总局卫生监管司职能相对应：

    负责监督指导国境卫生检疫有关法律法规和规章规范的贯彻执行；

    负责对福建局辖区所属分支机构承担的出入境人员、交通工具、货物以及口岸的卫生检疫查验、传染病监测、卫生监督、卫生除害等业务工作进行指导和监督管理；

    承办本辖区口岸出入境微生物、人体组织、生物制品、血液及其制品等特殊物品卫生行政许可审批及口岸涉外宾馆、饮食、服务、仓储单位《卫生许可证》的审批监管工作；

    负责收集、整理和分析国内外有关传染病疫情等公共卫生事件信息；

    负责组织实施口岸突发公共卫生事件应急处置工作；

    承办领导交办的其它工作任务。