综合科主要职能：1.负责检验检疫业务工作规划和计划的调研、起草、上报；负责局机关业务处室月工作计划、完成情况的收集、汇总、上报；牵头承办检验检疫系统业务管理体系的建立、完善等具体工作。2.组织检验检疫工作规程、业务规范的调研和制、修订、上报等工作；负责全局性检验检疫业务工作情况的汇总、整理、上报。3.负责系统内、外业务协调工作；负责对分支机构有关检验检疫业务综合与协调、片区业务协作等指导和管理；承办与海关、边检、海事等口岸查验单位的相关业务协调事项并建立协调机制。4.负责福建局大通关建设管理工作，牵头组织制定、修改、完善大通关措施；收集、汇总、上报福建局大通关建设情况。5.负责福建局辖区口岸管理工作；牵头对辖区口岸开放提出意见，参与有关部门组织的口岸验收等。6.承办福建--甘肃对口支援的具体工作。7.负责福建局涉台检验检疫监管工作的管理，组织探讨建立涉台检验检疫工作模式；收集、汇总、上报涉台检验检疫工作情况。

　　法制科主要职能：1.负责办理质检总局、福建省人大、省政府及有关部门的相关法律、法规和规章征求意见等事项。2.负责拟订并组织实施福建局检验检疫法制建设规划；组织实施检验检疫普法宣传教育工作，对分支机构的普法宣传教育工作进行指导与检查。

　　3.负责组织福建局检验检疫重要规范性业务文件的起草、征求意见、上报及清理、修订工作；承办本局业务规范性文件的审核、上报等工作。4.负责办理行政处罚案件的审理、行政复议、行政诉讼工作和司法调查接待工作；承办福建局行政执法人员资格审定、证件的发放与管理工作；承办涉嫌构成犯罪案件移送司法机关工作。

　　检务科主要职能：1.组织贯彻执行国家质检总局有关检务的政策和法规； 制定检务工作规范、规划、计划、管理制度并组织实施；负责福建局检务工作指导和管理。2.负责福建局空白证单的征订、分发与管理；负责福建局检验检验检疫业务印章的申请刻制、分发与管理。3.负责福建局检务人员的培训工作；负责福建局辖区报检人员培训、考核、发证等管理工作4.负责福建局辖区报检及代理报检单位管理。5.负责福建局产地证签证及原产地保护工作的管理。6.负责福建局“三电工程”全面管理。

　　统计信息科主要职能：1.组织贯彻执行有关统计的政策、法规、规范性文件，制、修订福建局统计业务规范并组织实施；拟定检验检疫统计调查及分析的规划、计划、管理制度并组织实施。3.收集、整理、汇总、上报检验检疫业务统计数据及统计分析资料；负责福建局检验检疫业务统计工作的指导和管理。4.负责CIQ2000 系统应用的管理；牵头对业务信息提出需求。5.为局领导提供统计资料并为有关部门提供统计咨询。6.收集、汇总福建省检验检疫业务统计数据、从检验检疫角度分析全省外经贸发展形势并提出对策或建议，及时上报省政府。