福建检验检疫局目前有8个国家级重点实验室、13个区域性中心实验室和14个常规实验室，形成覆盖辖区主要进出口商品、出入境动植物检疫、国境卫生检疫和传染病监测执法业务的技术保障能力。实验室分布情况如下：

一、国家级重点实验室：1、国家级茶叶检测重点实验室（福建）；2、国家级鳗鱼及食源性微生物检测重点实验室；3、国家级林产化工品检测重点实验室；4、国家级电气产品安全检测重点实验室（福建）；5、国家级鞋类检测重点实验室；6、国家级福建动物源性饲料（鱼粉）检测检疫重点实验室；7、国家级杂草检疫重点实验室；8、国家级生物安全检测重点实验室

二、区域中心实验室：1、国家质检总局福建转基因检测中心实验室；2、国家质检总局福建食品安全检测中心实验室；3、国家质检总局福建陶瓷及矿产品检测中心实验室；4、国家质检总局福建石油化工检测中心实验室；5、国家质检总局福建理化分析检测中心实验室；6、国家质检总局福建轻纺产品检测中心实验室；7、国家质检总局福建包装及材料检测中心实验室；8、国家质检总局福建动物检疫中心实验室；9、国家质检总局福建植物检疫中心实验室；10、国家质检总局福建媒介生物监测中心实验室；11、国家质检总局福建HIV检测实验室；12、国家质检总局福建依赖性药品监测中心实验室；13、国家质检总局福建结核病检测中心实验室 

三、常规实验室：14个，分布于福建省福州市、泉州市、莆田市、福清市、宁德市、三明市、龙岩市、南平市以及漳州市东山县。